Le più antiche testimonianze storiche riguardo il Giappone provengono da scarni resoconti cinesi e da due fonti giapponesi, mentre la preistoria del paese è illustrata dalla cultura neolitica di Jomon, le cui prime tracce risalgono al 5000 a.C. I primi risultati della formazione di un potere statale risalgono al IV secolo d.C. e la riunificazione del paese avvenne nel XVI secolo, durante l'epoca Azuchi-Momoyama. Nel XVIII secolo la crisi del sistema feudale fu annunciata da importanti mutamenti nelle condizioni sociali ed economiche del paese: una facoltosa classe mercantile conquistò un immenso potere politico indiretto.
Nel 1889 fu promulgata una nuova Costituzione, che si ispirava all'Europa e agli Stati Uniti; allo scoppio della prima guerra mondiale, il paese inviò un ultimatum alla Germania, con cui si richiedeva l'evacuazione del territorio di Jiaozhou, nella Cina nordorientale. Al rifiuto da parte dei tedeschi, il Giappone entrò in guerra a fianco degli Alleati, occupando le isole tedesche nel Pacifico. Il trattato di pace che concluse la prima guerra mondiale assegnò al Giappone le isole che aveva occupato nel Pacifico, e concedette al paese Jiaozhou, che tuttavia dovette restituire alla Cina nel 1922.
L'inizio della seconda guerra mondiale in Europa offrì al Giappone nuove opportunità di espansione nel Sud-Est asiatico. L'invasione dell'Indocina francese suscitò l'ostilità degli Stati Uniti, che posero l'embargo sul Giappone. Nel settembre del 1940 l'impero stipulò un'alleanza tripartita con la Germania e l'Italia; un anno dopo firmò un patto di neutralità con l'URSS, proteggendo in tal modo il confine settentrionale della Manciuria.
Nel 1941, mentre erano ancora in corso negoziati diplomatici tra Stati Uniti e Giappone, quest'ultimo sferrò un attacco aereo contro Pearl Harbor, la principale base navale americana nel Pacifico. Gli Stati Uniti, insieme alle altre potenze alleate eccetto l'Unione Sovietica, dichiararono allora guerra al Giappone.
I territori conquistati dal Giappone furono ripresi dagli statunitensi, che nel 1944 diedero inizio a una serie di bombardamenti sul territorio nipponico, che culminarono nel lancio delle bombe atomiche su Hiroshima e Nagasaki. Il 14 agosto il Giappone accettò le condizioni degli Alleati e il 2 settembre firmò la resa formale.
Gli anni Sessanta videro il Giappone salire ai vertici della produzione mondiale.
Nel 1995 il paese venne sconvolto dal terremoto avvenuto a Kobe in gennaio e dall'attacco terroristico di marzo alla metropolitana di Tokyo.

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