Nato il 24 settembre 1898 ad Adelaide, nell’Australia Meridionale, conseguì la sua prima istruzione al College di San Pietro e all'Università di Adelaide, nel 1921, si laureò. Ottenne una borsa di studio all'Università di Oxford, poi andò a studiare a Cambridge. Nel 1925 visitò gli Stati Uniti per un anno; al suo ritorno, nel 1927, fu nominato conferenziere in Patologia Speciale a Cambridge. Durante la II Guerra Mondiale fu nominato consulente onorario in Patologia nell'Esercito.
Insieme con E. Chain, Florey studiò e isolò la penicillina, una sostanza del gruppo degli antibiotici ricavata da colture di uno speciale fungo che fu scoperta accidentalmente nel 1928 dal fiammingo Fleming. Nel 1939, Florey e Chain guidarono una squadra di scienziati britannici, i cui sforzi condussero alla produzione su piccola scala dell’antibiotico. Howard Florey morì il 21 febbraio 1968.